939年间，华茶外销跃居我国出口农产品中的第一位。
吴觉农认为，振兴茶业必须造就大量的专业科技人才。他的这一主张得到了当时复旦大学教授、教务长兼法学院院长孙寒冰的支持，并向代校长吴南轩作了汇报，征得贸易委员会和中国茶叶公司同意，于1940年拨专款在重庆复旦大学创设了第一个茶业系，他兼任教授和系主任。
1941年“珍珠港事件”后，中国茶叶公司的业务处于停滞状态。可是，吴觉农对抗日胜利则充满信心，时刻不忘为战后的茶叶恢复和发展作准备，他拟订了一套茶树更新计划，为贸易委员会和茶叶总公司接受，并落实了经费在大后方主要茶区进行更新工作。同时，在他的建议下，由他率领一批有茶叶技术专长的青年人离开重庆，1941年在福建崇安武夷山麓建立了第一个茶叶研究所，亲任所长，开展了对茶的系统研究。
1945年吴觉农回到上海，在朋友的邀请下，参加并组织兴华制茶公司，任总经理。不到两年，公司费尽心血产制出来的箱茶全被官僚资本集团掠吞，公司无法生存。但吴觉农仍想对茶叶事业有所贡献，便从台湾购得茶机，从小型机制茶厂作试验，1947年在杭州办起之江机械制茶厂，在经营和技术上都取得了不少经验。
吴觉农毕生追求进步，衷心拥护中国共产党的政治主张，为党做了很多工作。早在1927年，“四·一二反革命政变”发生后，他同胡愈之、郑振锋等七人在《上海商报》发表公开信，对国民党的血腥屠杀提出了义正词严的强烈抗议，屠杀提出了义正词严的强烈抗议，周恩来称赞这一行动是“中国正直知识分子无畏的创举”。在白色恐怖时期，他不顾自身安危，在家中掩护了刘鼎、吴先清等共产党人。
“九·一八事变”后，吴觉农积极投身抗日救亡运动，在重庆参加了由王昆仑、王炳南、许宝驹、阳翰笙、屈武等人发起的“中国民主革命同盟”，为团结国民党军政各界上层人士，起到了重要作用。
解放战争后期，他同金仲华等通过“经济团体联谊会”、“科学工作者协会”等群众团体，宣传大好形势，稳定科技、工商界上层人士，使他们消除顾虑迎接解放。
1949年秋，吴觉农到北京参加了全
