国政协第一次会议，中华人民共和国建立后，他被任命为中央人民政府政务院农业部副部长，兼任茶叶公司总经理，很快建立了较完整的茶叶产销体系。迅速签订了与苏联的茶叶贸易合同，并积极组织茶叶收购工作，推销积存陈茶，配合中央恢复经济，扶持大城市工业生产的方针政策，利用“压资订机”大力订购茶叶机械，为适应对苏贸易，推行茶叶改制（绿茶改红茶）。同时，联络有关部门组织、建立和扩大茶业教学、科研机构，改进产制运销技术管理，促进了新中国茶叶事业的发展。
1952年卸任农业部副部长之后，从未放弃过对茶叶生产和科研的关心。50年代后期主动向周恩来总理要求去中国农科院茶叶研究所工作，虽未能如愿，但已足以体现出他对新中国茶业和茶学的热爱。20多年来，他服从工作需要，积极参与国家政治生活和爱国统一战线活动，历任第一、二、三、四届全国政协委员，第二、三届政协副秘书长，第五、六、七届政协常委；1949年参加中国民主建国会后，历任第一、二、三、四届中央常委，1988年改任民建中央咨议委员会副主任，为推动社会主义的建设与发展，巩固和发展爱国统一战线，坚持和完善中国共产党领导的多党合作与政治协商制度作出了积极贡献。
“文化大革命”中，他虽受到冲击，但从不计较个人恩怨，爱国、爱社会主义的志向始终不渝。粉碎“四人帮”后，他表示，再也坐不住了，一定要在有生之年为茶叶事业贡献余热。中共十一届三中全会后，吴觉农已80岁高龄，但仍热心参与茶业考察和学术活动，深入南方重要茶区商讨发展茶叶生产，提高茶叶品质，积极撰写论文，对出口创汇作了宏观管理改革意见的论证，利用各种渠道提议案和建议，其中有不少都被采纳并付诸实施。
1956年后，他历任中国农学会第一届副理事长，名誉理事长、顾问等职，1978年起历任中国茶叶学会名誉理事长。1989年于北京逝世。
茶树种源研究的带头人 茶原产于中国而后传播于世界。但在旧中国很少有人研究茶树的原
